A kis Frédi szülőhelyén, a Halmstads BK-ban kezdett el futballozni magasabb szinten, s 1994-ben írta alá első profiszerződését - ez idő tájt még kézilabdában is korosztályos válogatottnak mondhatta magát! A kis klubbal 1995-ben kupagyőztes, majd 1997-ben bajnok lett, s a válogatottban is bemutatkozhatott az USA elleni győzelem alkalmával. Ekkor már több nyugati, főleg angol csapat figyelte őt s végül az Arsenal igazolta le ötmillió euróért. Albionban első tétmérkőzésén a szurkolók és Arséne Wenger menedzser szívébe lopta magát, hiszen a Manchester elleni rangadón öt percet sem várt első góljára!
Pár hónap múltán már nem csak kiismerhetetlen játékáról, de divatbemutató-fellépéseiről is ismert volt a brit médiában, sokan csak a svéd Beckhamnek nevezték. Nagy feltűnést keltett a 2000-es Eb előtti nyilatkozata is: "Ha a meccs előtti este ágyba bújok egy lánnyal, másnap ólmosnak érzem a lábaimat, szinte lépni sem tudok. Sokkal szerencsésebb, hogyha e helyett megnézek egy pornókazettát"… Az Ágyúsokat e metódus alapján két-két FA-kupa és bajnoki győzelemre vezette, s főleg a már említett 2002-es duplázásban volt nagy szerepe: a bajnokság utolsó hónapjában nyolc gólt lőtt, majd eredményes volt az FA-kupa döntőjében is!
A 2002-es világbajnokságon robbanthatott volna, ám súlyos sérülése megakadályozta ebben, majd a következő szezonban egy pár mérkőzésen játszott ugyan, de nagyon meglátszott rajta a hosszú kihagyás. 2003 tavaszára tért csak vissza teljesen egészségesen, s különösen az FA-kupa-döntőre készült a szokásosnál is lelkesebben, mert ha betalál, ő lehetett volna az első játékos, aki három angol kupafinálén is eredményes! „Az időközben 2002-ben a legjobban öltözött svéd férfinek is megválasztott mindössze egyetlen nagy bánat terheli az északiakénál jóval felhőtlenebb lelkét: az ágyúsokkal nemzetközi színtéren még semmit sem nyert” – írtuk róla akkoriban.
A svédekkel is szeretett volna jól szerepelni, s a 2004-es kontinenstornát fantasztikusan indították a háromkoronások, ő is csúcsformában játszott, ám az elődöntőben a 11-esekkel nem volt szerencséjük. Hazatérve a bajnokságot remekül kezdte, de formája igencsak ingadozó volt: világklasszis teljesítményeket (a gólpasszlistán Lampard mögött sokáig második volt) pocsék mérkőzések követték. Novemberben ideggyógyászhoz kellett fordulnia, a hivatalos magyarázat szerint visszatérő, súlyos migrénje miatt.
Mint később kiderült, különböző duzzadt mirigyek akadályozták a svédet a mozgásban, s a rendellenesség oka nem volt más, mint rendkívüli mennyiségű tetoválásainak ólomtartalma! Freddie megnyugodhatott a hír hallatán, hiszen korában még az is felvetődött, hogy akár rákos daganatai is lehetnek. Ha viszont egészséges volt (csak 26 mérkőzésen játszhatott az idényben), valósággal ficánkolt a gyepen, hiszen 19 pontig jutott a kanadai táblázaton, ráadásul kétszer is csak pár percet kapott Wengertől.
Teljesítménye az összesített listán a 11. helyre volt elegendő, így nem csoda, ha meg szerették volna meghosszabbítani 2006 nyarán lejáró szerződését. „Nem fogom aláírni a szerződés-hosszabbítást, ha az Arsenal ambíciói nem egyeznek meg az enyéimmel - nyilatkozta a 28 éves középpályás a Sunday Expressnek. - Nem látom az esélyt arra, hogy BL-t nyerünk, ha csak 18-19 éveseket igazolunk" – morcoskodott az aktus előtt. Végül beadta derekát s 2009-ig írt alá az ágyúsokhoz, majd másnap a Porto elleni felkészülési mérkőzésen két gólt vágott.
A bíztató kezdet után a folytatás nem sikerült éppen fényesre, majd összeszedett egy csúnya bokasérülést tavasszal, de a válogatott alapembereként (10 selejtezőn 5 gólt rúgott) a vb-ről nem maradt le. Szerencséjére: Trinidad ellen példamutatóan hajtott, Paraguaynak győztes gólt rúgott, az angolok ellen viszont igen görcsösen futballozott, bár volt néhány veszélyes beadása. A Németországgal vívott vesztes nyolcaddöntőben sem lehetett rá panasz, csapata egyik legjobbja volt, noha általában ketten is vigyáztak rá, mint a háromkoronások méregfogára.
Amikor ősszel Olof Mellberget kirakták a válogatottból, Ljungberg lett az új csapatkapitány. Az Arsenalban viszont már nem állt ennyire jól szénája, Wenger egyre nehezebben viselte el, hogy a svéd rengetegszer sérült, 2007 elején fel is merült, hogy a szélső a WHU-hoz igazol. Időközben "Ljungannak" a bíróságon is jelenése volt, hiszen még 2004-ben okozott egy közlekedési balestet, aminek áldozata következő év májusában perelte be 1.5 millió fontra. 2007 nyarán igazolt a WHU-hoz, ára akár négymillió euró fölé is emelkedhet.
Azonnal megkapta a csapatkapitányi karszalagot, s jó formában játszott egészen áprilisig, amikor Steven Taylor rá nem esett. A válogatottban alapember, s ha elkerülik a sérülések, nem a 2008-as kontinenstornán búcsúzik az allsvenskantól, a nemezeti csapattól.